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Auflistung nach Autor:in "Windhager, Lukas"

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  • Zeitschriftenartikel
    Algorithmische Systembiologie mit Petrinetzen – Von qualitativen zu quantitativen Systemmodellen
    (Informatik-Spektrum: Vol. 32, No. 4, 2009) Birzele, Fabian; Csaba, Gergely; Erhard, Florian; Friedel, Caroline; Küffner, Robert; Petri, Tobias; Windhager, Lukas; Zimmer, Ralf
    Die algorithmische Systembiologie ist ein aktuelles Teilgebiet der Bioinformatik. Petrinetze [28] werden seit Jahrzehnten für die Modellierung von Systemen und seit ca. 15 Jahren auch in der netzwerk-orientierten Bioinformatik [17, 27] verwendet. In der algorithmischen Systembiologie werden Petrinetze einerseits zur Repräsentation von biologischem Wissen in Form von qualitativen Netzwerkmodellen und andererseits für die Analyse ihrer dynamischen Eigenschaften und ihre quantitative Simulation eingesetzt. Die Auswahl relevanter Teilnetze aus großen qualitativen Netzen und ihre Umsetzung in quantitative Modelle erfordern neue methodische Ansätze.
  • Konferenzbeitrag
    Intuitive Modeling of Dynamic Systems with Petri Nets and Fuzzy Logic
    (German Conference on Bioinformatics, 2008) Windhager, Lukas; Zimmer, Ralf
    Current approaches in modeling dynamic biological systems often lack comprehensibility, especially for users without mathematical background. We pro- pose a new approach to overcome such limitations by combining the graphical representation provided by the use of Petri nets with the modeling of dynamics by powerful yet intuitive fuzzy logic based systems. The mathematical functions and formulations typically used to describe or quantify dynamic changes of systems are replaced by if-then rules, which are both easy to read and formulate. Precise values of kinetic constants or concentrations are substituted by more natural fuzzy representations of entities. We will show that our new approach allows a semi-quantitative modeling of biological systems like signal transduction pathways or metabolic processes while not being limited to those cases.